Szpital Bielański został oddany do użytku 19 grudnia 1960 roku. Położony jest na skraju Lasku Bielańskiego, między ulicami Cegłowską i Marymoncką. Lokalizację dla Szpitala wybrał i zatwierdził dr Aleksander Pachno (1912-1971), pierwszy w powojennej Warszawie kierownik Stołecznego Wydziału Zdrowia (1948-1956), a następnie podsekretarz stanu w Ministerstwie Zdrowia (1956-1961). Budowa kompleksu szpitalnego, którego kubatura wynosiła około 160 000 m³, trwała blisko 10 lat. Zbudowany został w jednej bryle w kształcie litery H. Prawe ramię budynku od ulicy Marymonckiej zajęły oddziały internistyczne, Urologiczny, Chirurgii Dziecięcej, Obserwacyjny i Neurologiczny, Pracownia Rentgenodiagnostyczna, Poradnia Stomatologiczna i Pracownia Protetyczna.

W łączniku mieściła się Administracja, Laboratorium, Zakład Fizykoterapii i Rehabilitacji, Punkt Krwiodawstwa, Pracownia Serologiczna, Blok Operacyjny, Sterylizacja, kuchnia i sala wykładowa. W lewym ramieniu znajdowały się oddziały: Chirurgii Ogólnej, Urazowej, Laryngologii, Okulistyki, Położnictwa i Ginekologii oraz Neonatologii. Ogólna Izba Przyjęć Szpitala usytuowana była na parterze, w szczycie prawego skrzydła od strony ulicy Marymonckiej, z bardzo wygodnym podjazdem, a ginekologiczno-położnicza – w szczycie skrzydła lewego. Od końca 1960 roku działała Przychodnia Przyszpitalna, która była integralną częścią Szpitala. Szpital stanowił bazę dla Studium Doskonalenia Lekarzy Akademii Medycznej w Warszawie. Większa część oddziałów była klinikami, które łącznie z Zakładem Anatomii Patologicznej i Zakładem Diagnostyki Laboratoryjnej stanowiły placówki dydaktyczno-naukowe. Szpital liczył 656 łóżek, nie wliczając w tą liczbę łóżek noworodkowych. Piękny teren od strony południowej budynku – z sosnami, basenem, ławkami – stwarzał pacjentom i ich rodzinom możliwość korzystania ze spacerów i odpoczynku. Szpital Bielański pełnił funkcję szpitala rejonowego dla 160.000 mieszkańców Bielan i Żoliborza oraz Łomianek i Izabelina, zabezpieczając fachową, pełnoprofilową pomoc medyczną. W okresie tym Szpital Bielański wizytowany był przez liczne delegacje rządowe, resortowe i grupy lekarzy z różnych kontynentów: Afryki, Azji, obu Ameryk oraz Europy.

W 1982 roku, na czas planowanego remontu, przeniesiono Oddział Okulistyczny do Szpitala Praskiego. Nie powrócił on już do Szpitala Bielańskiego, a na jego miejscu powstał Pododdział Diagnostyki Endokrynologicznej. W tym okresie dobudowano do lewego ramienia nowy budynek – 3-piętrowy pawilon H dla Przychodni Przyszpitalnej, Zakładu Rentgenodiagnostyki, Przychodni Endokrynologicznej i administracji szpitala.

14 grudnia 1999 roku Szpitalowi Bielańskiemu nadano imię księdza Jerzego Popiełuszki. Przy wejściu głównym do budynku wmurowana została tablica pamiątkowa z popiersiem Patrona i cytatem „niech (…) lecząc ciało, nie zapominają o duszy ludzkiej, która jest cząstką samego Boga”. Od tego momentu rozpoczął się okres dynamicznego rozwoju placówki – od 2000 roku przeprowadzono szereg prac modernizacyjnych i działań dostosowawczych mających na celu poprawę warunków udzielania świadczeń opieki zdrowotnej, dostosowanie wolumenu świadczeń do rzeczywistego zapotrzebowania. Jednym z pierwszych kroków było przyjęcie na Bielany Kliniki Pediatrii CMKP. Niedługo po tym zdecydowano o przejęciu od Zespołu Lecznictwa Otwartego Dziennego Psychiatrycznego Oddziału Rehabilitacyjnego na ul. Felińskiego, co uratowało ten oddział przed likwidacją. Dalej rozwijano współpracę naukowo -dydaktyczną i badawczą, nawiązując relacje z Instytutem Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN, Instytutem Psychiatrii i Neurologii, Instytutem Kardiologii, Akademią Medyczną, AWF oraz rozszerzano jej zakres z CMKP. Działania te pozwoliły na pozyskanie specjalistycznej wysokokwalifikowanej kadry medycznej, która wspólnie z kadrą zarządczą, przy nieocenionym wkładzie włodarzy miasta, projektowała i wcielała w życie nowe pomysły. Po raz pierwszy w Polsce, na Bielanach, zastosowano z powodzeniem outsourcing w zakresie diagnostyki obrazowej i laboratoryjnej. Etapami wyremontowano wszystkie oddziały, utworzono nowe pracownie, m.in. Elektrofizjologii, Hemodynamiki, Endoskopii, Urodynamiki, Polisomnografii, Elektromiografii.

Obecnie jest to największy szpital samorządu warszawskiego, który dysponuje blisko 600 łóżkami o wysokim europejskim standardzie (sale 1-, 2- i 3-osobowe z pełnymi węzłami sanitarnymi, przyjazne dla pacjentów). Dwadzieścia jeden oddziałów, z których większość ma status klinicznych, wyposażonych jest w najnowocześniejszy sprzęt diagnostyczny i leczniczy. Co roku hospitalizowanych jest blisko 35 tys. chorych, a 43 poradnie specjalistyczne udzielają ponad 160.000 porad. Doskonale wyszkolona kadra 484 lekarzy (w tym 20 profesorów i doktorów habilitowanych) i 594 pielęgniarek, w ramach kształcenia podyplomowego i współpracy z Centrum Medycznym Kształcenia Podyplomowego, dzieli się swoją wiedzą i doświadczeniem z lekarzami oraz pielęgniarkami innych ośrodków, a także studentami Uniwersytetu Medycznego w Warszawie i Akademii Wychowania Fizycznego. Prowadzone są staże lekarskie, pielęgniarskie i kursy specjalizacyjne. Szpital Bielański współpracuje również z Instytutem Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN, Instytutem Psychiatrii i Neurologii. Oferuje pacjentom nie tylko kompleksowe usługi szpitalne na wysokim poziomie, lecz także różne formy opieki przed i poszpitalnej (np. oddziały dzienne, jednego dnia, rehabilitacja dzienna, zespół leczenia środowiskowego), oraz profilaktykę i promocję zdrowia. Jego znaczenie dla lokalnej społeczności wynika z faktu, że jest jedyną tego typu, dużą, wielospecjalistyczną placówką w tej części Warszawy. Obejmuje zakresem swego działania teren zamieszkały obecnie przez ponad 250.000 ludzi, a w niektórych specjalnościach referencyjnych, takich jak Endokrynologia, Nefrologia, Kardiologia, Neurochirurgia, Neurologia, Chirurgia Naczyniowa, jest to populacja kilkakrotnie większa.

Prowadzona przez Zarząd Szpitala projakościowa polityka i ogromne zaangażowanie personelu zaowocowało przyznaniem certyfikatów jakości ISO opartych na zapisach międzynarodowych norm w zakresie Zarządzania Jakością, Środowiskiem, Bezpieczeństwem i Higieną Pracy. Szpital Bielański trzykrotnie uzyskał tytułu Mazowieckiej Firmy Roku w kategorii zakładów lecznictwa zamkniętego oraz jest trzykrotnym laureatem Ogólnopolskiego Konkursu Medycznego „Perły Medycyny” w kategorii szpitale wielospecjalistyczne powyżej 400 łóżek. W 2008 roku został bezprecedensowym zdobywcą dwóch pierwszych nagród w obydwu konkursach, w 2009 roku zaś Klinika Endokrynologii uzyskała prestiżowe godło „Teraz Polska” oraz zdobyła Złotą Perłę, jako najlepsza klinika w kraju. W roku 2010, pod Honorowym Patronatem Prezydent m. st. Warszawy Hanny Gronkiewicz – Waltz, odbyły się oficjalne obchody 50-lecia Szpitala Bielańskiego. Z okazji Jubileuszu 50-lecia Szpital otrzymał odznaczenie „Za zasługi dla Warszawy” oraz medale: Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego, Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego oraz Instytutu Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN. W uznaniu za zasługi dla całego Mazowsza Wojewoda Mazowiecki przyznał Szpitalowi Bielańskiemu odznakę „PRO MASOVIA”. W tym czasie Szpital otrzymał również trzy znaczące nagrody za jakość świadczonych usług: Nagrodę Specjalną Ogólnopolskiego Konkursu Medycznego „Perły Medycyny”, „Eurocertyfikat” Europejskiego Programu Promocji Jakości, „Mazowiecką Nagrodę Jakości”, a także tytuł „Gazeli Biznesu 2010”, przyznany przez „Puls Biznesu”. W 2011 r. Szpital Bielański został laureatem Polskiej Nagrody Jakości w kategorii Organizacje Publiczne – Ochrona Zdrowia-Szpital, przyznawanej przez Kapitułę Konkursu Polska Nagroda Jakości. Potwierdzeniem wysokiego poziomu zarządzania Szpitalem oraz posiadania niewątpliwych cech lidera z intuicją była Polska Nagroda Jakości przyznana w 2011 r. Dyrektorowi Szpitala, Pani Dorocie Gałczyńskiej – Zych w kategorii Znakomity Przywódca. W 2012 r. Szpital Bielański stał się zapleczem medycznym (diagnostycznym i leczniczym) dla gości Turnieju Finałowego Mistrzostw Europy w Piłce Nożnej EURO 2012 otrzymując od władz UEFA rangę „Wybrane Centrum Medyczne dla UEFA EURO 2012”.  W 2013 r. Szpital z pełnym sukcesem przeszedł recertyfikację przyznanego w 2006 r. przez Polskie Centrum Badań i Recertyfikacji Certyfikatu Zintegrowanego Systemu Zarządzania w przedmiocie spełniania norm PN-EN ISO 9001:2009 oraz PN-N-180001:2004 w zakresie świadczenia kompleksowych, specjalistycznych usług medycznych z zakresu diagnostyki, leczenia zabiegowego i zachowawczego, w tym z wykorzystaniem promieniowania jonizującego oraz z zakresu ratownictwa medycznego na bazie oddziałów szpitalnych, przychodni przyszpitalnej, działów diagnostycznych jak również innych komórek działalności podstawowej. W 2014 r. Kapituła Programu „Dobre bo Polskie” przyznała Szpitalowi Bielańskiemu tytuł Szpital Przyjazny Pacjentom. Jest to kolejne wyróżnienie potwierdzające wysoką jakość świadczonych przez Szpital usług medycznych i podejmowanych i realizowanych działań na rzecz satysfakcji pacjenta.

Rozwój Szpitala w aktualnym kształcie nie byłby możliwy bez finansowania z budżetu m.st. Warszawy, który jest dla Szpitala Bielańskiego podmiotem tworzącym. Szpital został w pełni zmodernizowany za ponad 80 mln zł miejskich dotacji, w wyniku czego wszystkie oddziały są na europejskim poziomie, wyposażone w najnowocześniejszy sprzęt.

Zarząd oraz pracownicy Szpitala nie ustają w staraniach o dalszy jego rozwój. Planowana jest rozbudowa uwzględniająca nowoczesny kompleks obejmujący: blok operacyjny, Intensywną terapię, rehabilitację i lądowisko dla helikopterów. Niezwykły rozwój Szpitala znajduje uznanie wśród pacjentów, a wyniki niezależnych rankingów dają pewność, że w stale zmieniającej się rzeczywistości przyjęty został właściwy kierunek, gwarantując usługi na najwyższym poziomie.

Odziały szpitalne:

• Oddział Chirurgiczny Ogólny
• Oddział Chirurgii Naczyniowej
• Oddział Neurochirurgiczny
• Oddział Ginekologiczno-Położniczy
• Oddział Otolaryngologiczny
• Oddział Urologiczny
• I Oddział Chorób Wewnętrznych
• II Oddział Chorób Wewnętrznych
• Oddział Gastroenterologiczny
• Oddział Intensywnej Terapii i Anestezjologii
• Oddział Kardiologiczny
• Oddział Neonatologiczny
• Oddział Neurologii
• Oddział Pediatryczny
• Oddział Psychiatryczny
• Oddział Dzienny Psychiatryczny – Rehabilitacyjny
• Oddział Dzienny Rehabilitacyjny
• Centralny Blok Operacyjny